Strukturbasierte Bioinformatik
Dozent:innen: Univ.-Prof. Dr. Andreas HildebrandtKurzname: 08.079.381
Kurs-Nr.: 08.079.381
Kurstyp: Vorlesung/Übung
Voraussetzungen / Organisatorisches
Programmierkenntnisse in JuliaVerwendung von Jupyter Notebooks
Wir werden in den Übungen mit The Julia Programming Language programmieren. Grundlegende Kenntnisse sind vorab notwendig. Schaut dazu einfach mal hier rein:
Julia Academy: Introduction to Julia
Getting started: Manual
Exersicm: Exercism Track
Hilfreich ist auch ein Blick in die Dokumentation von Julia. Hier auch der Artikel Julia Compared to Other Languages
Anwesenheitspflicht
Die Übungen zur Vorlesung finden mittwochs von 10-12 Uhr im Raum 05-522 (hier im Gebäude, Staudingerweg 9) statt.Zusätzlich besteht die Möglichkeit dienstags von 10-12 Uhr im Raum 03-424 die Übungen zu bearbeiten.
Digitale Lehre
Die Veranstaltung ist in Präsenz geplant. Zusätzlich gibt es in Teams ein Team zur Organisation, dem ihr mit folgendem Code beitreten könnt: ur5frz6Empfohlene Literatur
Ein einheitliches Lehrbuch für diese Veranstaltungen gibt es leider nicht. Hilfreich sind aber folgende Lehrbücher:Structural Bioinformatics von Jenny Gu und Philip E. Bourne
Wirkstoffdesign von Hans-Joachim Böhm, Gerd Klebe und Hugo Kubinyi
Molecular Modelling von Andrew Leach
Wir werden im Rahmen der Lehrveranstaltung mit der in der AG entwickelten Bibliothek BiochemicalAlgorithms.jl (Link zum Github Repository) arbeiten.
Inhalt
Grundlegende Begriffe der BioinformatikEinführung in die Proteinphysik
Simulation von Molekülbewegungen
Proteinstrukturminimierung
Docking und Wirkstoffdesign
Termine
| Datum (Wochentag) | Zeit | Ort |
|---|---|---|
| 16.04.2024 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
| 23.04.2024 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
| 30.04.2024 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
| 07.05.2024 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
| 14.05.2024 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
| 21.05.2024 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
| 28.05.2024 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
| 04.06.2024 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
| 11.06.2024 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
| 18.06.2024 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
| 25.06.2024 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
| 02.07.2024 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
| 09.07.2024 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
| 16.07.2024 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |