Strukturbasierte Bioinformatik
Dozent:innen: Univ.-Prof. Dr. Andreas HildebrandtKurzname: 08.079.381
Kurs-Nr.: 08.079.381
Kurstyp: Vorlesung/Übung
Voraussetzungen / Organisatorisches
Programmierkenntnisse in JuliaVerwendung von Jupyter Notebooks
Verwendung von git
Wir werden in den Übungen mit der Programmiersprache Julia programmieren. Grundlegende Kenntnisse sind vorab notwendig. Schaut dazu einfach mal hier rein:
Getting started: Getting Started Manual
Julia Academy: Introduction to Julia
Exersicm: Exercism track
Hilfreich ist auch ein Blick in die Dokumentation von Julia. Hier auch der Artikel Julia Compared to Other Languages interessant.
Digitale Lehre
Die Veranstaltung ist in Präsenz geplant. Zur Organisation verwenden wir ausschließlich MS Teams. Dem entsprechenden Team könnt ihr mit folgendem Code beitreten: n9jj86pEmpfohlene Literatur
Ein einheitliches Lehrbuch für diese Veranstaltungen gibt es leider nicht. Hilfreich sind aber folgende Lehrbücher:Structural Bioinformatics von Jenny Gu und Philip E. Bourne
Wirkstoffdesign von Hans-Joachim Böhm, Gerd Klebe und Hugo Kubinyi
Molecular Modelling von Andrew Leach
Inhalt
Themen der Vorlesung:- Einführung in die Bioinformatik, Grundlegende Begriffe der Molekularbiologie
- Einführung in die Physik und insbesondere Mechanik
- Kraftfelder
- Molekulardynamik
- Strukturminimierung
- Molekulares Docken
- Wirkstoffdesign
- Proteinfaltung
- ...
Übung:
Wir werden Aufgaben mit Bezug zum Inhalt der Vorlesung praktisch umsetzen, z.B. Implementierung von Minimierungsverfahren, Molekülsimulierungen usw. Außerdem schauen wir uns Kraft- und Energieberechnungen an. Wir werden in der Übung die Programmiersprache Julia verwenden und insbesondere mit der in der AG entwickelten Bibliothek BiochemicalAlgorithms.jl und dem zugehörigen Visualisierungstool BiochemicalVisualizations.jl arbeiten.
Termine
Datum (Wochentag) | Zeit | Ort |
---|---|---|
15.04.2025 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
22.04.2025 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
29.04.2025 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
06.05.2025 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
13.05.2025 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
20.05.2025 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
27.05.2025 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
03.06.2025 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
10.06.2025 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
17.06.2025 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
24.06.2025 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
01.07.2025 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
08.07.2025 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |
15.07.2025 (Dienstag) | 14:15 - 15:45 | 03 428 2413 - Neubau Physik/Mathematik |