Nächstes Semester

Strukturbasierte Bioinformatik

Dozent:innen: Univ.-Prof. Dr. Andreas Hildebrandt
Kurzname: 08.079.381
Kurs-Nr.: 08.079.381
Kurstyp: Vorlesung/Übung

Voraussetzungen / Organisatorisches

Programmierkenntnisse in Julia
Verwendung von Jupyter Notebooks
Verwendung von git

Wir werden in den Übungen mit der Programmiersprache Julia programmieren. Grundlegende Kenntnisse sind vorab notwendig. Schaut dazu einfach mal hier rein:
Getting started: Getting Started Manual
Julia Academy: Introduction to Julia
Exersicm: Exercism track

Hilfreich ist auch ein Blick in die Dokumentation von Julia. Hier auch der Artikel Julia Compared to Other Languages interessant.

Digitale Lehre

Die Veranstaltung ist in Präsenz geplant. Zur Organisation verwenden wir ausschließlich MS Teams. Dem entsprechenden Team könnt ihr mit folgendem Code beitreten: n9jj86p

Empfohlene Literatur

Ein einheitliches Lehrbuch für diese Veranstaltungen gibt es leider nicht. Hilfreich sind aber folgende Lehrbücher:

Structural Bioinformatics von Jenny Gu und Philip E. Bourne
Wirkstoffdesign von Hans-Joachim Böhm, Gerd Klebe und Hugo Kubinyi
Molecular Modelling von Andrew Leach
 

Inhalt

Themen der Vorlesung:
- Einführung in die Bioinformatik, Grundlegende Begriffe der Molekularbiologie
- Einführung in die Physik und insbesondere Mechanik
- Kraftfelder
- Molekulardynamik
- Strukturminimierung
- Molekulares Docken
- Wirkstoffdesign
- Proteinfaltung
- ...

Übung:
Wir werden Aufgaben mit Bezug zum Inhalt der Vorlesung praktisch umsetzen, z.B. Implementierung von Minimierungsverfahren, Molekülsimulierungen usw. Außerdem schauen wir uns Kraft- und Energieberechnungen an. Wir werden in der Übung die Programmiersprache Julia verwenden und insbesondere mit der in der AG entwickelten Bibliothek BiochemicalAlgorithms.jl und dem zugehörigen Visualisierungstool BiochemicalVisualizations.jl arbeiten.

Termine

Datum (Wochentag) Zeit Ort
15.04.2025 (Dienstag) 14:15 - 15:45 03 428
2413 - Neubau Physik/Mathematik
22.04.2025 (Dienstag) 14:15 - 15:45 03 428
2413 - Neubau Physik/Mathematik
29.04.2025 (Dienstag) 14:15 - 15:45 03 428
2413 - Neubau Physik/Mathematik
06.05.2025 (Dienstag) 14:15 - 15:45 03 428
2413 - Neubau Physik/Mathematik
13.05.2025 (Dienstag) 14:15 - 15:45 03 428
2413 - Neubau Physik/Mathematik
20.05.2025 (Dienstag) 14:15 - 15:45 03 428
2413 - Neubau Physik/Mathematik
27.05.2025 (Dienstag) 14:15 - 15:45 03 428
2413 - Neubau Physik/Mathematik
03.06.2025 (Dienstag) 14:15 - 15:45 03 428
2413 - Neubau Physik/Mathematik
10.06.2025 (Dienstag) 14:15 - 15:45 03 428
2413 - Neubau Physik/Mathematik
17.06.2025 (Dienstag) 14:15 - 15:45 03 428
2413 - Neubau Physik/Mathematik
24.06.2025 (Dienstag) 14:15 - 15:45 03 428
2413 - Neubau Physik/Mathematik
01.07.2025 (Dienstag) 14:15 - 15:45 03 428
2413 - Neubau Physik/Mathematik
08.07.2025 (Dienstag) 14:15 - 15:45 03 428
2413 - Neubau Physik/Mathematik
15.07.2025 (Dienstag) 14:15 - 15:45 03 428
2413 - Neubau Physik/Mathematik