Modeling of Biological Systems
Dozent:innen: Univ.-Prof. Dr. Susanne GerberKurzname: 08.079.20171
Kurs-Nr.: 08.079.20171
Kurstyp: Vorlesung/Übung
Voraussetzungen / Organisatorisches
Beschreibung:Die computergestützte Modellierung biologischer und molekularer Systeme ist zu einem nicht mehr aus der modernen Biologie wegzudenken Bestandteil geworden. Alleine schon auf Grund der schier unfassbaren Menge an verfügbaren Daten - gewonnen aus z.B. Hochdurchsatz- Experimenten - können viele wichtige Experimente, Analysen und Validierungsschritte nur noch mit Hilfe von Computern und mathematischen Modellen durchgeführt werden. Andersherum werden auch mit Hilfe von Modellen Hypothesen aufgestellt, die anschließend im Labor getestet und validiert werden können – nicht selten mit erstaunlichen Ergebnissen, auf die man ohne vorherige Simulationen nicht gestoßen wäre.
Im Modul Biologische Modelle soll die wichtigsten Modellierungsansätze und Strategien vorgestellt und gegenübergestellt werden (Deterministische Modelle/ ODE/PDE vs Stochastische Modelle, agent-based, Bayes’sche – oder Boolsche Netzwerke). Des Weiteren wird diskutiert, welche Methoden für welche Probleme/Systeme die geeigneten sind, mit welchen Probleme man sich bei der Modellierung konfrontiert sieht, und wie sehr man seinen Resultaten unter verschiedenen Gesichtspunkten Vertrauen schenken kann. Darüber hinaus werden wichtige Errungenschaften im Bereich der Modellierung in der Biologie der letzten Jahre vorgestellt und konkrete Modelle am Beispiel nähergebracht.
Inhalt
Inhalte:Vorlesung
1. Introduction to biological modeling
2. Mathematical modeling of biological reactions/kinetics
3. Regulation of cation homeostasis
4. Transcription control: combinatorial regulation and stochastic dynamics at the promoter level. Stefan
5. Dynamics of complex gene regulatory networks
6. Modeling epigenetics
7. Modeling chromatin folding and regulation
8. Modeling cells and tissues
9. Models of game theory applied to animal behavior
10. Modeling population variation- GWAS and relation to populations.
11. Modelling species interaction in ecosystems
12. Models of evolution
Zusätzliche Informationen
Das Modul wird in englischer Sprache angeboten.Termine
| Datum (Wochentag) | Zeit | Ort |
|---|---|---|
| 17.04.2019 (Mittwoch) | 12:00 - 14:00 | 03-424 |
| 24.04.2019 (Mittwoch) | 12:00 - 14:00 | 03-424 |
| 08.05.2019 (Mittwoch) | 12:00 - 14:00 | 03-424 |
| 15.05.2019 (Mittwoch) | 12:00 - 14:00 | 03-424 |
| 22.05.2019 (Mittwoch) | 12:00 - 14:00 | 03-424 |
| 29.05.2019 (Mittwoch) | 12:00 - 14:00 | 03-424 |
| 05.06.2019 (Mittwoch) | 12:00 - 14:00 | 03-424 |
| 12.06.2019 (Mittwoch) | 12:00 - 14:00 | 03-424 |
| 19.06.2019 (Mittwoch) | 12:00 - 14:00 | 03-424 |
| 26.06.2019 (Mittwoch) | 12:00 - 14:00 | 03-424 |
| 03.07.2019 (Mittwoch) | 12:00 - 14:00 | 03-424 |
| 10.07.2019 (Mittwoch) | 12:00 - 14:00 | 03-424 |